Переход с ЕНВД на обычный режим налогообложения

Наша организация готоится к ликвидации. До этого занималась исключительно продажей товара в розницу. На складе остается товар, который после окончания торговли в розницу будет продан юридическому лицу. Имеем ли мы право принять к зачету НДС по этой сделке. Вроде как зачесть можно, но хочется еще раз умного подтверждения своей правоты.

При возврате на общий режим налогообложения к вычету принимаются суммы НДС, предъявленные налогоплательщику по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые не были использованы в деятельности, облагаемой ЕНВД (п. 9 ст. 346.26 НК РФ).
И хотелось бы понять, как грамотно оформить эту продажу, чтобы доказать парво на вычет по НДС

Хороший вопрос. И хорош он тем, что в нем содержится ответ. Вы же сами
привели прямую норму установленную Налоговым кодексом. Какие же еще нужны доказательства? Да, суммы "входного" НДС по тем товарам, которые были использованы в деятельности, облагаемой этим налогом подлежат возмещению в общем порядке. Конечно при условии, что соблюдаются все требования, которые кодекс предъявляет к зачету. То есть у вас должны быть правильно оформленные счета-фактуры поставщика, они подлежат регистрации в книге покупок и т. д.
Теперь об оформлении этой операции. Ее нужно оформить так, чтобы ни у кого не возникло сомнений по поводу того в рамках какой системы налогообложения проданы товары - обычной или вмененной. Под <вмененку> попадают розничные продажи.

Поэтому лучше всего составить с покупателем письменный договор поставки. Он будет доказывать тот факт, что данная продажа розничной не является.
Следовательно, она попадает под обычную систему налогообложения, с
полученной выручки вы должны начислить НДС и имеете право на возмещение сумм "входного" налога. Кроме того, оформите счет-фактуру и накладные. В договоре постарайтесь использовать те формулировки, которые приведены в Гражданском кодексе и касаются договоров поставки. Например в предмете договора вы можете записать так: "Поставщик - продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность, обязуется передать в обусловленный сроки
товары покупателю для использования в предпринимательской деятельности или в иных целях, не связанных с личным, семейным, домашним и иным подобным использованием".