Какие вообще документы можно предоставлять в эллектронном виде?

Счет-фактура является основанием для принятия налога на добавленную стоимость (НДС) к вычету или возмещению. А НДС – это один из основных источников поступления средств в бюджет. Кроме того, НДС является налогом, который может быть уменьшен возвратом, обоснованность таких возвратов налоговики ревностно проверяют.

Это подтверждают и факты. По данным ФНС, в 2010 году налоговыми органами истребовано у налогоплательщиков порядка 17 млн. счетов-фактур (это около 40% от всех истребованных документов за год). Что касается всех других документов, то законодательных ограничений к их использованию в электронном виде нет.

По идее, использовать электронные договоры, акты, накладные и пр. компании могут уже с 2002 года, когда вступил в силу закон об электронной подписи.
Согласно ст. 1 закона «Об электронной цифровой подписи» (№ 1-ФЗ от 10.01.2002) в электронном виде можно передавать и хранить документы, используемые в гражданско-правовых отношениях и в других предусмотренных законодательством случаях. Ст. 9 закона "О бухгалтерском учете" (№129-ФЗ от 21.11.1996) также предполагает возможность составления первичных и сводных документов как на бумажных, так и машинных носителях информации. Подтверждает это и целая серия разъяснительных писем Министерства финансов РФ.

И только в отношении счета-фактуры до 2010 года (до принятия закона 229-ФЗ) было сказано, что он «предоставляется в бумажном виде». Поэтому говорить, что «для начала работы выбран счет-фактура» неправильно. Электронным счетом-фактурой, скорее, закончили :)

Другое дело, что согласно ст. 93 НК представлять документы в электронном виде в налоговую можно только в установленном формате. Такой формат сейчас разрабатывается только для счетов-фактур. Поэтому другие документы в налоговую можно представлять исключительно в бумажном виде: делается бумажная копия электронного документа (распечатывается, заверяется печатью и подписью уполномоченного лица, у которого хранится документ).