Отчетность ФСС. Совместители.Больничные листы

Сотрудник работает в одном структурном подразделении , и одновременно является совместителем в другом структурном подразделении.
Производится расчет больничного листа , определяется среднедневая ставка , производится расчет 3-х дней за счет работодателя.
Вопрос - как рассчитать взносы по каждому структурному подразделению с учетом таких больничных листов?
Вопрос - к какому структурному подразделению нужно относить оплаченные 3 дня ?

С точки зрения отчетности в ФСС, это совершенно не важно - здесь каждая организация определяет это самостоятельно. Вам решать, делить ли затраты и каким образом. Разделение сумм важно только в том случае, если сотрудник работает в разных обособленных подразделениях. Тогда учет и отчетность идут по каждому такому подразделению отдельно и разделение сумм имеет значение.