Как правильно оформить замену товара

С покупателем заключен Договор о 100% предоплате за поставку товара. После оплаты ему выставили счет-фактуру на аванс, в которой перечислены 11 позиций. Далее выясняется, что поставить мы можем только 10. Недостающий товар можем заменить аналогичным (покупатель согласен), но по другой цене.

1. Что делать с Договором (требуются ли какие-либо Доп.соглашения)?
2. Что делать с авансовой счет-фактурой,уже выставленной?
3. Как правильно оформить доплату за аналогичный товар, если за него тоже надо платить авансом?

Добрый день, Botox!
1, 2. Мне трудно судить, требуется ли внесение изменений в договор, не видя самого договора. Если в договоре прямо закреплена обязанность поставить конкретный товар, но поставляться будет другой товар, то изменение предмета договора надо закрепить юридически, в обычной практике такое изменение происходит через подписание дополнительного соглашения. Если предмет договора уточняется спецификациями и на момент выставления счета-фактуры по факту получения аванса спецификации ещё не было, а в имеющейся спецификации уже указаны товары, которые фактически будут поставляться, то изменить нужно только назначение платежа. И это (с моей точки зрения) можно сделать путем обмена письмами (ранее уже давала комментарий на эту тему, посмотрите здесь: http://forum.klerk.ru/showthread.php?t=245464 ).
3. Так же как и любой другой аванс. Возможно, я не уловила суть проблемы, если Вас смущает то, что аванс будет частичным, то моё видение того, как должен оформляться счет-фактура на частичный аванс, я изложила здесь: http://forum.klerk.ru/showthread.php?t=245779 .