документы и в электронном и бумажном виде.

Документы и в электронном и бумажном виде равноценны. Если есть в наличии оба экземпляра необходимо ли их оба регистрировать? какой документ проводить в учете? Сможет ли налоговая придраться, если у одного контрагента документ зарегистрирован как электронный с датой выдачи более поздней, а у другого контрагента зарегистрирован бумажный вариант с датой получения более ранней?

Спасибо за интересный вопрос.

В случае создания двух вариантов одного документа: электронного и бумажного специалисты сервиса обмена Synerdocs рекомендуют, в первую очередь, выбрать оригинал, с которым вам удобно работать. Если продавец и покупатель зарегистрируют разные варианты одного документа, как в вашей ситуации, при встречной налоговой проверке это выясниться, и будет непросто разобраться в ситуации.

Если уже произошло выставление электронного документа, согласно Письму Минфина России от 17.06.2013 N ЕД-4-3/10769 дублировать его на бумаге не надо. Если все-таки дублирование произошло, в таком случае мы рекомендуем уничтожить бумажный вариант, т.к. дата и время отправления электронного документа зафиксированы оператором ЭДО, удалить такой документ не получится.