Разная сумма НДС в счете и п/п.

Добрый день!
Ответьте, пожалуйста, на следующий вопрос:

Наша компания занимается транспортно-экспедиторским обслуживанием. Работаем на ОСНО.
При выставлении счета клиентам сумма НДС берется не со всей суммы, т.к. мы пользуемся услугами в том числе и перевозчиков, применяющих на ЕНВД.
Однако, при оплате наши заказчики не всегда внимательно смотрят счет и оплачивают его с указанием НДС(18%) со всей суммы счета.
Это ведет к увеличению суммы НДС в п/п по сравнению с суммой НДС, указанной в счете.
Имеет ли эта разница негативные налоговые последствия?

Нет, выделение НДС в платежном поручении не приводит к обязанности по его уплате.

Основанием для возникновения обязанности по уплате НДС является осуществление налогоплательщиком операций, облагаемых налогом. Единственным исключением из данного правила является установленная п. 5 ст. 173 НК РФ обязанность по уплате НДС в случае выставления счета-фактуры с выделенным налогом.