Отказ налоговой инспекции. Что делать?

Наша организация ООО «Южлифтремонт» импортирует из республики Беларусь лифтовое оборудование. В июне 2012г. была произведена доставка лифтов двумя машинами. В первой машине 14.06.12г. пришли лифты не полной комплектации (по условию договора поставки 57601-ОМ-18315-2012 от 17.05.12г., п.3.4 «товарно-транспортная накладная с указанием цены предоставляется при отгрузке последней составной части лифта») и поступили документы:
• Товарная накладная №0648397 от 14.06.2012г. на сумму ноль руб.
• Счет фактура (тамож.) № 36034 Т от 14.06.2012г. на сумму 1348555 руб. (эта счет фактура только для таможни)
• CMR № 0027366 Во второй машине 18.06.2012г. пришли окончательные комплекты лифтов и поступили документы:
• Товарная накладная №0421439 от 18.06.2012г. на сумму 3086591 руб.
• Счет фактура (тамож.) № 36062 Т от 18.06.2012г. на сумму 1738036 руб. (эта счет фактура только для таможни)
• Счет фактура № 3361 от 18.06.2012г. на сумму 3086591 руб.
• CMR № 0027399
Нашей организацией принято к учету 6 комплектов лифтов 18.06.12г. на сумму 3086591 руб. Сдана декларация и оплачен косвенный НДС на сумму 555586руб. Налоговая инспекция не заверяет нам поданное «Заявление о ввозе товара и уплате косвенных налогов» в связи с тем, что в CMR в графе 5 указаны данные счет фактуры таможенной, а она по сумме не совпадает с товарной накладной (ссылаясь на Приказ Минфина № 80-Н от 26.07.10г.). К заявлению были приложены копии документов:
• Товарная накладная №0421439 от 18.06.2012г. на сумму 3086591 руб.
• Счет фактура № 3361 от 18.06.2012г. на сумму 3086591 руб.
• CMR № 0027399. Поясните, пожалуйста, со ссылками на законодательство правомерен ли отказ налоговой инспекции, если да то какие документы должен нам предоставить поставщик, т.к. он требует возврата НДС (все сроки прошли).
Гл. бухгалтер ООО «Южлифтремонт» Сопикова Ольга Сергеевна

Ответ на вопрос дан в ходе вебинара.