Книги покупок и книги продаж у агента.

По условиям заключенных договоров наша компания продает товар и оказывает агентские услуги по организации транспортировки этого товара на склады покупателей. Транспортные расходы перевыставляются клиентом, а у нас в учете идут "транзитом" и в настоящее время в книгах покупок и книгах продаж не отражаются.

Слышали, что одним из нововведений будет являться наша обязанность отражения счетов-фактур (в нашем случае - на транспортные расходы) в книгах покупок и продаж.
И сразу возникает проблема - клиенты находятся на значительном удалении от нас, все документы вместе с товаром поступают к ним. Иногда товары "едут" не одну неделю и везутся не одним перевозчиком. В лучшем случае мы получим такие счета-фактуры через длительный срок (если получим). И, соответственно, не все сможем отразить своевременно. Каким образом это будет отражаться в 1с? Будет ли предусмотрено поле "поступление оригиналов" и дата их поступления? Как отражать "запоздавшие" счета-фактуры в книгах покупок и продаж?

Если организация – поставщик доставляет товары покупателю силами сторонней транспортной организации на основании агентского договора, то она перевыставляет счета-фактуры, полученные от перевозчика на имя покупателя, указывая в качестве Продавца – перевозчика, в качестве покупателя – покупателя.

Если у поставщика агентский договор с покупателем отсутствует, и поставщик получает от покупателя возмещение транспортных услуг, то полученные суммы возмещения поставщик облагает НДС по пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ, предъявляя при этом к вычету суммы НДС, предъявленные перевозчиком.

Возмещение расходов по транспортировке

письма Минфина РФ от 21.03.2013 № 03-07-09/8906,
от 15.08.2012 № 03-07-11/299

если согласно условиям договора продавец обязуется организовать доставку товаров грузополучателю, а покупатель - возместить понесенные продавцом транспортные расходы, то в счете-фактуре, выставляемом продавцом по отгруженным товарам, услуги по транспортировке товаров, реализуемые перевозчиком, не указываются;

если по договору комиссии (агентскому договору) продавец оказывает услуги покупателю товаров по приобретению от своего имени услуг по транспортировке товаров, то вычеты НДС покупателем товаров по услугам по транспортировке производятся на основании счетов-фактур, составленных (перевыставленных) продавцом, в которых указывается наименование транспортной организации, а не продавца товаров;

счета-фактуры, выставленные продавцу товаров организациями, оказывающими ему транспортные услуги, не являются основанием для применения налоговых вычетов у покупателя.

письма Минфина РФ от 22.10.2013 № 03-07-09/44156, от 06.02.2013 № 03-07-11/2568, от 15.08.2012 № 03-07-11/300

возмещение покупателем расходов, понесенных поставщиком товаров в связи с их доставкой включается в налоговую базу по НДС по пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ;

у покупателя, перечислившего средства на возмещение, основания для вычета сумм НДС, исчисленных поставщиком, отсутствуют

суммы НДС по транспортным расходам подлежат вычетам у поставщика в общеустановленном порядке.

Альтернативный подход:

постановления ФАС Поволжского округа от 12.08.2013 № А66-7801/2009, ФАС Московского округа от 18.10.2012 № А 40-18642/12-20-86, от 27.04.2010 № КА-А40/4081-10, ФАС Уральского округа от 25.05.2009 № Ф09-3324/09-С3, ФАС Центрального округа от 01.07.2009 № А54-3828/2008С8, ФАС Северо-Кавказского округа от 13.01.2010 № А53-9707/2009.