выездная проверка затянулась

27.04.2009 началась у нас в организации выездная проверка. Спустя примерно месяц она была приостановлена на три недели, как нам объяснили устно, инспектор ушла в отпуск, в решении же о приостановлении проверки прописали, что проверка была приостановлена в связи с необходимостью истребовать документы у наших поставщиков. Несмотря на то, что проверка была приостановлена, в инспекцию вызывались свидетели и там они давали свои показания. Спустя три недели проверка началась снова и мы получили справку о проведенной проверке только 1.10. В итоге нам доначислили налоги, пени, штрафы. Из акта проверки следует, что встречная проверка не проводилась во время приостановления (там указаны даты, когда были направлены поручения), документы истребовались только в середине июня.
Управление согласилось с инспекцией. Теперь мы думаем обжаловать эти решения налоговых в суд. Мы, конечно же, будем приводить доказательства по существу против доводов инспекции, но вот хотелось бы знать, повлияет ли на решение суда то обстоятельство, что проверка проводилась у нас аж 5 месяцев и что были допущены серьезные нарушения?

Заранее спасибо.

Рассмотрим нарушения, допущенные инспекцией при проведении у Вас выездной проверки.
Согласно п. 9 ст. 89 НК РФ руководитель инспекции вправе приостановить проведение выездной налоговой проверки по закрытому перечню оснований, в том числе для истребования документов у контрагентов налогоплательщика в соответствии со ст. 93.1 НК РФ. При этом на период приостановления проверки приостанавливаются действия инспекции по истребованию документов у налогоплательщика, а также приостанавливаются действия на территории (в помещении) налогоплательщика, связанные с указанной проверкой.
Однако она вправе проводить мероприятия налогового контроля, которые не связаны с нахождением на Вашей территории и истребованием у Вас документов. Например, инспекторы могут организовать допросы свидетелей на законном основании, что и произошло в Вашем случае (см., например, Постановления ФАС Дальневосточного округа от 20.03.2009 N Ф03-711/2009, ФАС Поволжского округа от 14.01.2010 N А57-19762/2008).
Но так как в акте налоговой проверки не указано, что во время приостановления проверки проводилось истребование документов у контрагентов, суд может признать такое приостановление недействительным. Это значит, суд может указать, что проверка должна была окончиться на три недели раньше.
В соответствии с п. 6 ст. 89 НК РФ выездная налоговая проверка не может продолжаться более двух месяцев.
Однако отменить решение, которое налоговый орган вынес по итогам выездной проверки, только на том основании, что проверка проводилась дольше установленного срока, будет не так просто. Если по существу решение верно, а ваша единственная претензия заключается в том, что налоговики проверяли вас дольше положенного, то оснований для отмены решения суд, вероятнее всего, не найдет.
Дело в том, что безусловным основанием для отмены решения, которое принято по итогам налоговой проверки, может быть нарушение существенных условий процедуры рассмотрения материалов проверки. При этом к таким существенным условиям относится только обеспечение налогоплательщику возможности участвовать в рассмотрении материалов проверки и представлять объяснения (абз. 2 п. 14 ст. 101 НК РФ).
Все прочие нарушения процедуры проверки могут, но не обязательно должны явиться основанием для отмены решения, которое принято по ее итогам (абз. 1, 3 п. 14 ст. 101 НК РФ). При этом суды отменяют решения только в том случае, если налогоплательщик доказал, что с нарушением срока проведения проверки пострадали его законные интересы. Это подтверждает судебная практика (см., например, Постановления ФАС Северо-Кавказского округа от 25.12.2008 N Ф08-7602/2008, ФАС Западно-Сибирского округа от 26.05.2008 N Ф04-3206/2008(5461-А27-15)).