Эта проблема в форуме обсудалась не раз.
Надо просто зазубрить себе на носу, что бухгалтерский учет сам по себе, налоговый - тоже сам по себе.
Когда доходы и расходы разнесены по разным источникам, надо понимать, что на 2.210.01 должна формироваться сумма НДС к уплате в бюджет исключительно по правилам налогового учета. Т.е. к вычету берется входной НДС, расходы по которому произведены за счет дополнительного источника финансирования. Проблем тут нет никаких.
ps: Только вот вопрос Ваш, я так понимаю, связан исключительно с конкретной программой, ибо если налоговые регистры ведутся самостоятельно, он не возникает по определению.