Это не вопрос. Скорее - ответ на вопрос:
" Так как же нужно заполнять в ИС графы "Уплачено" при отсутствии персонифицированного учета уплаченных страховых и накопительных взносов? "
"Элементарно" Также как и при перечислении зарплаты на карточки работникам - ПОТРЕБУЮТ прилагать к каждой платежке расшифровку с суммами и страховыми номерами. Вот увидите! Не пройдет и месяца.