Правильно считаю , какие суммы необходимо доплатить ?

[Самый тупой бух]

За 4 квартал надо восстановить НДС к уплате -1000 тыс.руб , ( это кредиторская задолженность), но в 1 квартале большая сумма к возмещению, которая может перекрыть деньгами .
Уточненки директор сказал не подавать( выходи из ситуации , как хочешь, ничего не доплачивай и не уточняй ).
Если вдруг будут проверять оба квартала сразу , каков порядок действий - уточненку за 4 квартал , уточненку за 1 квартал . И ничего не доплачивать , кроме пени ?

[ZZZhanna]

но в 1 квартале большая сумма к возмещению, которая может перекрыть деньгами .

если покажете сумму к возмещению, готовьтесь предоставлять все документы на проверку, и не факт, что половину документов забракуют.

[ZZZhanna]

За 4 квартал надо восстановить НДС к уплате -1000 тыс.руб

чтобы ничего не доплачивать, уберите на такую же сумму другой счет-фактуру.

каков порядок действий - уточненку за 4 квартал , уточненку за 1 квартал .

годы какие?

[Самый тупой бух]

Текущие ... 4 квартал 20( сейчас надо восстановить ), в 1 квартале к возмещению идёт ...
Я в 1 квартале не буду включать сейчас в отчёт , и 4 квартал не буду восстанавливать . Если вдруг вопрос с проверкой - подаю две уточненки. Сначала к доплате , потом к возмещению . Налог перекрывается. Оплата только пени . Счёта-фактуры примут 100%, так как там крупный завод , наш партнёр лет 10 точно .

[ZZZhanna]

потом к возмещению

декларации к возмещению - плохая идея, замучают проверками.