Ну и что? Это не значит, что открыв 10 магазинов, надо 10 раз становится на учет в одну и ту же налоговую. Это заявление о постановке на учет налогоплательщика ЕНВД, а не постановка на учет магазина
Налоговая Ростова не права, Вы не должны вставать на учет на территории другой налоговой
Вам надо просто сдавать одну декларацию с несколькими разделами 2. По числу ОКАТО. Никаких заявлений при этом в налоговую носить не надо
А причем тут место регистрации в Краснодарском крае вообще непонятно, в НК нет никаких ограничений по этому поводу