В соответствии со ст. 176 НК РФ в случае если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму налога, исчисленную по операциям, признаваемым объектом налогообложения в соответствии с подпунктами 1 - 3 пункта 1 статьи 146 настоящего Кодекса, полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику в соответствии с положениями настоящей статьи.
После представления налогоплательщиком налоговой декларации налоговый орган проверяет обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, при проведении камеральной налоговой проверки в порядке, установленном статьей 88 НК РФ (3-месяца п. 2).
2. По окончании проверки в течение семи дней налоговый орган обязан принять решение о возмещении соответствующих сумм, если при проведении камеральной налоговой проверки не были выявлены нарушения законодательства о налогах и сборах.
По результатам рассмотрения материалов камеральной налоговой проверки руководитель (заместитель руководителя) налогового органа выносит решение о привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения либо об отказе в привлечении налогоплательщика к ответственности за совершение налогового правонарушения.
Одновременно с этим решением выносится решение о возмещении (полностью или частично) суммы налога, заявленной к возмещению, или решение об отказе в возмещении суммы налога, заявленной к возмещению.
4. При наличии у налогоплательщика недоимки по налогу, иным федеральным налогам, задолженности по соответствующим пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, налоговым органом производится самостоятельно зачет суммы налога, подлежащей возмещению, в счет погашения указанных недоимки и задолженности по пеням и (или) штрафам.
То есть шанс, что налоговый орган не будет взыскивать НДС по декларации где он заявлен к уплате и впоследствии зачтет его с НДС-ом положенным к возмещению по ранее представленной декларации, соответственно с пенями (но где найти такой добрый налоговый орган).
6. При отсутствии у налогоплательщика недоимки по налогу, иным федеральным налогам, задолженности по соответствующим пеням и (или) штрафам, подлежащим уплате или взысканию в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом, сумма налога, подлежащая возмещению по решению налогового органа, возвращается по заявлению налогоплательщика на указанный им банковский счет. При наличии письменного заявления налогоплательщика суммы, подлежащие возврату, могут быть направлены в счет уплаты предстоящих налоговых платежей по налогу или иным федеральным налогам.
Плюс к этому пост #28.
Таким образом, констатируем, что с 01.01.2007 года налогоплательщик имеет право на возмещение (и в частности зачет) суммы НДС по декларации только после проведения камеральной проверки и только по решению налогового органа.
При этом конечно можно попробовать сразу с декларацией (где НДС к уплате) написать заявление на зачет в счет будущего возмещения по ранее представленной декларации. Но тогда все будет зависеть от налогового органа который, либо пойдет навстречу налогоплательщику и придержит применение мер взыскания в пределах установленных сроков и впоследствии зачтет оба НДС –а с пенями, либо просто взыщет этот НДС (потребует заплатить) так как формально на момент написания заявления на зачет право на него еще нет.