Такие проверки в основном проводят по письмам сотрудников. Например, уволили или уволился какой-либо Вася Пупкин, на следующий день или немного позже, недовольный Вова Подставин пишет письмо в налоговую либо в прокуратуру (у кого как фантазии хватает) только подписывается Васей Пупкиным, указывает его реальные данные и со спокойной совестью дальше продолжает работать.
Бывают конечно и кадры которые непосредственно перед своим увольнением пишут от своего имени, это более опасны для работодателя. Т.к. в первом случае, приходит проверка начинает капать и ни чего накопать то и не может, если все сделано грамотно, то сами по себе проверяющие ни чего не найдут и ни чего не докажут. Тем более Вася Пупкин знать не знает и показаний давать не будет.
Второй случай хуже если вдруг работник сможет предоставить проверяющим вещь доки, типа черные ведомости ну и прочее у кого что.
Грамотнее всего при выдаче з/п делать две ведомости, например если сотрудник должен получить всего 20000 руб. из них 12000 черных 8000 белых, пишем эти сумы в ведомостях, сотрудник там и там расписывается, белую проводим по бухгалтерии, черную – прячем, чем дальше, тем лучше. А сотруднику объясняем типа 8000 оклад, 12000 премия за этот месяц, две ведомости, чтобы люди видели премию и стремились улучшать свои показатели.