Вы перегибаете. Никто не говорит, чтоб в параментических настройках учитывать возможность всех изменений.
Но при изменении ставки НДС достаточно завести эту новую ставку в справочник и указать срок начала её действия, а не менять конфигурацию.
И проблема "20-ти значного КБК" должна решаеться установкой новых отчентных форм, а не сменой конфигураций.