В целях налогообложения вся полученная комиссионером выручка является выручкой комитента. А комиссионное вознаграждение - соответственно выручкой комиссионера и расходами комитента.
Поэтому под налогообложение (НДС там или УСН) у комитента подпадает ВСЯ выручка (без вычитания из нее комиссионного вознаграждения). И комиссионер поступает с этой выручкой в соответствии с тем, на каком режиме работает комитент - если комитент является налогоплательщиком НДС, то, следовательно, он выставляет счет-фактуру покупателя с выделением НДС со всей суммы. При этом совершенно неважно, на каком режиме находится комитент. И обратная ситуация – если комитент на УСН, то комиссионер (даже если он на общей системе и облагает свои услуги НДС) выставляет счет-фактуру покупателю на всю сумму товара без НДС.
Счет-фактуру, которую комиссионер выставляет покупателю товара, он регистрирует у себя в книге учета счетов фактур и НЕ регистрирует в книге продаж (или покупок).
Далее. Комиссионер выписывает комитенту счет-фактуру на сумму комиссионного вознаграждения (как на обычную услугу). Наличие или отсутствие в ней НДС полностью зависит от того, на каком режиме комиссионер (облагает ли свои услуги НДС или нет). При этом совершенно не важно, на каком режиме находится комитент.
Комиссионер регистрирует этот счет-фактуру у себя в книге продаж, а комитент – соответственно в книге покупок (если таковые конечно есть )
Ну и напоследок, если комиссионер на УСН (6%), то облагается налогом только сумма комиссионного вознаграждения.
Очень часто встречается, когда комиссионер продает товар комитента, добавляя свою "наценку" к цене, которую комиссионер хочет получить в итоге. Напрямую ГК такой вариант не подразумевает. Но, также напрямую, и не запрещает. Приходилось видеть договора комиссии, где комиссионное вознаграждение определялось как "разница между ценой продажи и ценой, указанной комиссионером". Такая формулировка, хоть и имеет достаточное распространение, не соответствует гражданскому законодательству (правда, судебного признания таких договоров недействительными или их переквалификации я не встречал... правда и не искал ).
В любом случае, в соответствии с гражданским законодательством комиссионер обязан отчитаться перед комитентом об исполнении поручения, а также передать комитенту все полученное от сделки (возможно, удержав причитающееся по договору комиссионное вознаграждение, а также дополнительные расходы, подлежащие возмещению комитентом). При этом комиссионер обязан указать в своем отчете ПОЛНУЮ стоимость выручки от продажи товаров (включая оставленное комиссионером у себя комиссионное вознаграждение), а также сумму комиссионного вознаграждения.