ОМС в коммерческой клинике

ЛЮДИИИИ!!! ХЕЛППП! предложили работу в ООО, стоматология, довольно мелкая, УСН д-р, но.... они получают возмещение из бюджета за установку протезов пенсионерам, не поняла еще как это правильно называется, но за это им платит бюджет по каким то установленным расценкам и предполагают заключить договор с ФОМС (как они говорят, их заставляют как дополнительно к протезированию). Хоть ООО и существует уже давно, но старый учет куда то делся, его не нашли, от слова совсем. никаких бухбаз нет , но вся отчетность за год сдана и налоги заплачены. сейчас с начала года они попросили знакомого пару месяцев поработать пока не найдется новый бух ( и похоже им буду я...или не буду, но это уже вопрос второй). Вести он начал в какой то простенькой программке в облаке практически с нуля введя остатки из упрощенного баланса...типа астрал или что то похожее, не запомнила. делая упор на налоговый учет доходов и расходов по УСН, а бухучет ну как придется...естественно никакого раздельного учета нету....но все пришедшее они считали выручкой по УСН и платили налог. Вопрос то вот в чем...
Есть тут кто представляющий как вести учет такого финансирования в медицине? А то начитавшись всякого я уже не понимаю как правильно и можно ли обойтись малыми силами или придется настаивать на 1с?